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全文可分为三部分。

第一部分（第1段），概述刻舟者的精湛技艺，以及核舟的由来和内容。

第二部分（第2～5段），详细介绍核舟的形状、结构，描述各部位人物的神情状貌，用事实说明雕刻者精湛的技艺。这部分是全文的主体。

第三部分（第6段），总括核舟上雕刻的人、物的种类和数目，赞扬王叔远的精巧技艺。作者对船上的事物进行点数，并不厌其烦地用具体数字加以说明，再次强调了核舟的体积之小，让人对小小核舟所刻人、物之丰富叹为观止。此时，作者最后发出的感叹“技亦灵怪矣哉”，也正是读者由衷的感受。